Ce chapitre présente les indicateurs et méthodes disponibles pour estimer les flux et bilans d'azote et discute de leurs choix, intérêts et limites en fonction des résultats attendus, impacts visés et type d'utilisateurs. Il existe aujourd'hui de très nombreux indicateurs. Les indicateurs de pratiques sont facilement renseignés mais sont peu prédictifs des pertes azotées. Les bilans azotés, fondés sur le calcul d'un solde entre les entrées et les sorties sont de très loin les indicateurs les plus couramment utilisés pour évaluer la gestion de l'azote. Le bilan sol-surface a pour objectif d'aider à la gestion de la fertilisation des parcelles. Il est utilisé en France sous sa forme simplifiée (la Balance Glogale Azotée) mais ce calcul fait alors appel à des valeurs forfaitaires et est donc peu sensible aux variations des pratiques. Ce bilan ne concerne aussi qu'une partie de l'exploitation d'élevage contrairement au bilan apparent de l'exploitation qui comptabilise toutes les entrées et permet de hiérarchiser tous les postes. En comptabilisant toutes les pertes, le solde du bilan d'exploitation est logiquement plus élevé que celui du bilan sol-surface mais ce solde ne présage pas des formes de pertes. Les indicateurs d'émissions permettent d'évaluer les pertes soit par des mesures directes comme la mesure des reliquats azotés soit par l'intermédiaire de facteurs d'émission surtout utilisés pour les émissions gazeuses, soit par des modèles qui permette d'aborder les phénomènes en dynamique. Le couplage des bilans et d'indicateurs d'émissions offre un potentiel certain d'amélioration à des fins de diagnostic et d'aide à la décision. Enfin les indicateurs d'impacts, dont le plus utilisé est aujourd'hui l'Analyse du cycle de vie, permet de qualifier les effets des systèmes de production sur la qualité des milieux. Compte-tenu de la multiplicité des indicateurs disponibles, l'utilisateur doit clarifier ses besoins pour sélectionner les plus adaptés.