L’amélioration de la santé des cheptels est une composante essentielle du développement durable des filières aquacoles. La sélection d’animaux résistants aux différents organismes pathogènes rencontrés en élevage est une des stratégies possibles, complémentaire des approches prophylactiques, médicamenteuses ou vaccinales qui sont parfois difficiles à mettre en œuvre. L’analyse de la littérature scientifique permet en effet de conclure qu’il existe, dans les espèces et populations de mollusques et de poissons, une variabilité génétique de la résistance potentiellement exploitable par sélection. Les conditions d’exploitation de ce potentiel sont analysées. Pour des caractères complexes comme la résistance aux maladies, la mise au point de « marqueurs » susceptibles de fournir de l’information sur la valeur génétique des individus sans recourir à l’épreuve par le pathogène serait une aide précieuse pour mettre la sélection en pratique. Les travaux et perspectives dans ce domaine sont présentés, et leurs répercussions sur les stratégies possibles d’amélioration génétique discutées dans le contexte des filières aquacoles françaises.