L’épandage agricole du lisier porcin permet la fertilisation des sols et la valorisation du lisier. Cependant, ce dernier contient divers composés qui peuvent impacter négativement les organismes vivants. Parmi ces composés, on retrouve les hormones stéroïdes produites naturellement par les animaux ainsi que les antibiotiques utilisés pour lutter contre les infections microbiennes. Une fois transférés dans l’environnement, ces composés peuvent provoquer des altérations des fonctions de reproduction des organismes supérieurs ou la sélection de phénomènes de résistance chez les microorganismes du sol. Les travaux réalisés ont pour objectif d'évaluer la dégradation des composés antibiotiques et perturbateurs endocriniens au travers des filières de gestion de lisiers porcins. Pour cela, nous avons analysé les hormones (GC/MS) et les antibiotiques (LC/MS/MS) dans deux modes de gestion des effluents porcins utilisés en France : la fosse de stockage et la filière de traitement biologique par boues activées. Egalement, l’abondance des entérobactéries présentant des antibiorésistances dans ces systèmes à été déterminée. Nos résultats montrent que, comparé à la fosse de stockage, la filière qui inclue un traitement aérobie apparaît comme une solution efficace pour limiter la dissémination des polluants chimiques et biologiques dans l’environnement via les pratiques d’épandage.