L’objectif de cette étude est de caractériser les communautés bactériennes du contenu cæcal du lapin par CE-SSCP et de les comparer avec celles des caecotrophes et des faeces dures (stabilité dans le temps, variabilité entre individus). Des échantillons de fæces dures et de cæcotrophes ont été prélevés pendant 5 semaines sur 14 lapins adultes tandis que des échantillons de contenu cæcal ont été prélevés la 3ème semaine par voie chirurgicale et la 5ème semaine après sacrifice. Les communautés bactériennes ont été comparées sur leur composition (analyse des profils CE-SSCP) et leur biodiversité (indice de biodiversité de Simpson modifié). En l’absence de perturbation, la communauté bactérienne du cæcum est stable au cours du temps mais présente une variabilité individuelle. En revanche, le prélèvement de contenu cæcal par voie chirurgicale perturbe la biodiversité et la structure bactériennes. Pour réaliser des études de dynamique des communautés bactériennes du cæcum, il est donc nécessaire de trouver une matrice d’échantillonnage alternative. Les indices de biodiversité des contenus cæcaux, des cæcotrophes et des fæces dures sont similaires ( D’: 3,71 ± 0,50, 3,85 ± 0,58 et 3,99 ± 0,51 , respectivement ; NS) ; en revanche, la composition bactérienne des cæcotrophes semble plus proche de celle du contenu cæcal que ne l’est celle des fæces durs. Les cæcotrophes peuvent donc être utilisés pour réaliser des études de dynamique des populations bactériennes du contenu cæcal.