Molecular inventory of an anaerobic digestion microbial ecosystem
Inventaire moléculaire d'un écosystème microbien de digestion anaérobie
Résumé
The bacterial community structure of a fluidised bed reactor fed by vinasses was analysed by molecular identification. After polymerase chain reaction (PCR) amplification, three 16S ribosomal deoxyribonucleic acid (rDNA) clone libraries of Bacteria, Archaea and Procarya populations were established. Community structure was determined by phylogenetic analysis of 556 partial rDNA sequences (about 500 bp long). One hundred thirty-nine operational taxonomic units (OTUs) were found, among which were 133 and 6 from the Bacteria and Archaea domains respectively. Bacterial OTUs are not closely related to all other hitherto-determined sequences (more than 4 % of divergence). The Archaea represent 25 % of the prokaryotic sequences and the most frequent bacterial OTU represents less than 5 % of the bacterial sequences.
L’inventaire moléculaire de la microflore d’un réacteur en lit fluidisé alimenté par des vinasses a été réalisé à partir de trois banques de clones d’ADNr 16S (bactéries, archaea et procaryotes) amplifiés par PCR. L’analyse phylogénétique de 556 séquences partielles (environ 500 pb) décrit la communauté microbienne. Cent trente neuf OTU (Operational Taxonomic Unit) ont été identifiés dont 133 appartiennent au domaine des bactéries et six à celui des archaea. La plupart des séquences sont phylogénétiquement éloignées (plus de 4 % de divergence) des séquences déjà connues. Les archaea représentent 25 % des séquences procaryotes et l’OTU bactérien le plus fréquent moins de 5 % des séquences bactériennes.
Domaines
Génétique
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
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