Partant de l'hypothèse que la pollution de l'eau par les nitrates est un produit joint de l'agriculture intensive, cet article met en évidence que l'amélioration durable de la qualité de l'eau passe par une évolution significative des systèmes de production agricole et de l'univers technico-économique qui les a engendrés. Une première partie envisage les principes et méthodes d'une agriculture durable qui résoudrait les conflits économie-écologie en évoluant vers un nouveau paradigme technico-économique. Une seconde partie envisage les stratégies possibles et les instruments économiques disponibles pour réduire la pollution de l'eau : stratégies "d'adaptation" ou de "précaution", taxes dissuasives ou subventions incitatives. Une troisième partie, qui s'appuie sur une application à la plaine de la Bièvre-Valloire, compare l'efficacité des coûts relatifs du traitement industriel de l'eau qui privilégie le court terme et à des solutions préventives plus efficaces à long terme.