La prospection des environnements de subsurface permet un accès à la compréhension des cycles biogéochimiques se déroulant in-situ. Malgré les récentes avancées dans le domaine de la géomicrobiologie, la composition, la distribution et l'organisation microbienne des écosystèmes terrestres profonds restent encore mal connues. L'écologie moléculaire, bien qu'étant un outil puissant, se heurte à la faible biomasse contenue dans les roches profondes, rendant complexe l'accès à l'ADN. Dans cette étude, différentes méthodes d'extraction d'ADN ont été entreprises afin d'optimiser et d'adapter cette étape à des environnements extrêmes. La qualité des ADN extraits a été validée par l'amplification du gène codant pour l'ARNr 16S et la réalisation d'empreintes moléculaires (DGGE). Quatre échantillons de roches issues du Trias ont été collectés entre 1725 et 2000 mètres de profondeur à l'occasion d'un forage réalisé par l'ANDRA (programme TAPSS-FORPRO II). Le cœur de chaque carotte a été pulvérisé en conditions anoxiques et stériles. Trois protocoles d'extraction directe d'ADN génomique ont été comparés à partir des quatre matrices environnementales. Malgré la faible quantité d'ADN extrait, les amplifications du gène codant pour l'ARNr 16S bactérien se sont révélées positives montrant la bonne qualité des ADN extraits pour la suite des travaux de microbiologie moléculaire. De plus, une purification supplémentaire des ADN extraits par dialyse a permis l'augmentation significative des rendements d'amplification et l'acquisition d'empreintes moléculaires de qualité. Les profils de diversité obtenus à partir des différents extraits d'ADN seront présentés et discutés. Cette étude méthodologique est la première réalisée sur des environnements terrestres profonds. Les résultats démontrent la nécessité de tester et d'optimiser les procédures d'extraction d'ADN afin d'améliorer l'expertise des systèmes profonds pauvres en biomasse lors de futurs programmes de valorisations du sous-sol.