Depuis de nombreuses années, la transgénèse animal était soumis à l’utilisation de cellules modifiées génétiquement utilisées comme cellules donneuses en clonage. C’était souvent consommateur de temps et d’argent en raison d’un taux très faible de naissances d’animaux vivants à terme. Les nouveaux outils que sont les Zinc Finger Nucleases (ZFN), les Trans activator like effector nucleases (TALEN) ou le système CRISPR/Cas9 sont des nucléases à activité site spécifique qui permettent une coupure précise et unique dans le génome. Cette coupure active les systèmes de réparation de la cellule et entraine la création avec un rendement élevé d’insertions ou délétions aboutissant à un knock-out du gène ciblé. Les systèmes de réparation de la recombinaison homologue sont également activés et il est envisageable de faire de l’intégration ciblée (knock-in) d’une mutation ou d’un transgène directement par microinjection dans l’embryon d’un ARN codant pour une nucléase et d’une cassette d’ADN apportant les régions d’homologie pour la recombinaison homologue. Un premier essai de microinjection en embryon de lapin avec cette technique a permis d’introduire le gène GFP sous contrôle du promoteur CFTR, gène impliqué dans la mucoviscidose, avec un rendement de 20%. Cette nouvelle perspective ouvre la voie à l’obtention de modèles animaux sophistiqués dans les espèces d’intérêt agronomique. Des applications dérivées de ces premiers outils consistent à utiliser les régions de fixation à l’ADN de ces protéines pour d’autres fonctions telles que de l’activation de gène avec les TALE-VP16, de l’inhibition de transcription avec des TALE-KRAB ou de la modification de méthylation ciblée avec des TALE-dnmt. Toutes ces applications ne doivent pas occulter les principaux problèmes rencontrés avec l’utilisation de ces outils que sont la spécificité, avec le risque de off-targeting, c'est-à-dire la coupure non spécifique ailleurs dans le génome, et l’intégration au hasard des cassettes de recombinaison homologue au risque de modifier l’expression de gènes endogènes. Néanmoins le bénéfice-risque est en faveur de l’utilisation toujours plus grande de ces outils au regard de ce qui apparait dans la bibliographie actuellement.