Genomic selection in French dairy sheep: strategies, first results of genomic evaluations and perspectives
La sélection génomique des ovins laitiers en France : stratégies, premiers résultats des évaluations génomiques et perspectives
Résumé
Each year, the breeding programs in French dairy sheep breeds progeny test around 700 rams, with variations between breeds. Since the late 1990’s, blood of AI rams was systematically stored by Labogena. Therefore, when the Illumina «OvineSNP50®» beadchip became available in 2009, genomic selection became possible in French dairy sheep. Stakeholders of the dairy sheep genetic industry, gathered together in the National Dairy Sheep Committee, in partnership with INRA and the Institut de l’Elevage, have organized themselves in the framework of the so-called UMT GENEpr. In the Lacaune breed, the purpose of the SheepSNPQTL and Roquefort’in project is to set up a reference population of 3,000 rams and to test genomic selection among 2 batches of rams. The aim of the Genomia project is to test multibreed genomic selection in the Pyrenean breeds, with a smaller reference population, except for the Manech Tête Rousse breed (MTR), , in association with the Spanish Latxa breed, based on 3,100 genotyped AI rams, including nearly 2,000 from the French populations. A point on both programs is presented and situated within the global strategy of genomic selection in French dairy sheep. Genomic evaluations were performed with the GBLUP methodology, for all the available phenotypes. The accuracy of genomic evaluation is presented in the Lacaune and MTR breeds, thanks to a cross-validation. In all cases, the genomic evaluation was more efficient than the polygenic evaluation, the range of gain varying from 10 to 41% according to the breed and trait. Alongside with these results, the managers of the breeding programs are working on the conception of a genomic breeding program, from the technical evolution required to the shift in contractual organizations between stakeholders.
Les programmes de sélection ovins laitiers français évaluent sur descendance environ 700 béliers par an, avec de fortes variations selon les races. Le stockage de sang des béliers d’IA à Labogena depuis le milieu des années 90 et la disponibilité de la puce « OvineSNP50® » d’Illumina depuis 2009 rendent envisageable la sélection génomique pour les races ovines laitières françaises. Les acteurs de la profession se sont organisés dans cette perspective, dans le cadre du Comité National Brebis Laitières, en partenariat avec l’INRA et l’Institut de l’Elevage, regroupés au sein de l’UMT génétique des petits ruminants. En race Lacaune, l’objectif des projets SheepSNPQTL et Roquefort’in est de disposer d’une population de référence d’environ 3000 béliers, et de tester la sélection génomique sur 2 cohortes de testage. Pour les races ovines laitières des Pyrénées, où les populations raciales de référence sont, à l’exception de la Manech Tête Rousse (MTR), de taille plus réduite, le projet Genomia vise à tester une sélection génomique multiraciale associant les races Manech (France) et Latxa (Espagne), grâce au génotypage de 3100 béliers d’IA en 2011 dont près de 2000 pour les populations françaises. L’état d’avancement des 2 programmes est présenté et resitué dans une stratégie globale de sélection génomique. L’évaluation génomique a été réalisée selon la méthodologie GBLUP, pour l’ensemble des phénotypes disponibles. Nous présentons les résultats de précision des évaluations génomiques réalisées, en races Lacaune et MTR, sur la base d’une population d’apprentissage respectivement de 1933 et 1002 béliers génotypés et une population de validation, respectivement de 682 et 293 jeunes béliers. Dans tous les cas, l’évaluation génomique est plus précise que l’évaluation polygénique, les gains relatifs de précision variant de 10 à 41% selon la race et le caractère considérés. Parallèlement à ces travaux, les maîtres d’œuvre des schémas de sélection s’interrogent sur les évolutions techniques que supposerait la mise en place de schémas de sélection génomiques, mais aussi sur les conséquences organisationnelles et contractuelles induites.
Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
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