Pour être adoptée en routine, une technique de diagnostic de virus doit idéalement présenter les caractéristiques suivantes : techniquement robuste, reproductible et répétable, diagnostic sensible et spécifique, facilité de mise en œuvre, y compris pour des utilisateurs peu formés ou inexpérimentés, automatisable, rapide, économiquement compatible avec les besoins de la filière et basée sur des standards industriels généralisés [1]. L’Elisa (Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay), apparue dans les années 1970, et la PCR en temps réel, apparue à la fin des années 1990, possèdent la plupart de ces caractéristiques et sont ainsi devenues les deux standards utilisés de manière intensive pour le diagnostic des viroses, en particulier dans le domaine végétal. Pour chacune de ces techniques, une dizaine d’années ont été nécessaires entre les premiers développements et leur utilisation par les laboratoires de diagnostic de routine. Ces technologiques ont ainsi amélioré de manière significative notre capacité à diagnostiquer des infections virales. Cependant, leur utilité est limitée par la nécessité de déterminer a priori les virus ciblés par le test et par la disponibilité d’anticorps ou de séquences nucléotidiques spécifiques. Elles ne permettent donc pas le diagnostic de virus inconnus ou de souches virales divergentes peu ou mal caractérisées. L’indexage complet, c’est-à-dire l’identification de tous les virus présents dans un échantillon, était donc un objectif inatteignable jusqu’à tout récemment.