Certaines bactéries contribuent à réduire les maladies racinaires des plantes causées par des champignons pathogènes. La compétence rhizosphérique de ces bactéries antagonistes est un pré-requis à leur efficacité. Cependant, l’influence du champignon pathogène sur le déterminisme génétique de cette compétence n’est pas connue. L’influence d’une part du champignon seul, ou effet hyphosphère et d’autre part de la plante et du champignon, ou effet pathorhizosphère sur la régulation des déterminants génétiques bactérien a été évaluée dans ce travail. Pour cela, des confrontations entre la rhizobactérie antagoniste, /Pseudomonas/ /fluorescens/ Pf29Arp, et le champignon responsable du piétin-échaudage du blé, /Gaeumannomyces/ /graminis/ var. /tritici,/ ont été conduites /in vitro/ en absence ou présence de racine. La construction d’une puce génomique de Pf29Arp a permis de mener une approche transcriptomique comparative dans ces dispositifs expérimentaux. Les types d’interaction entre Pf29Arp et /Ggt /varient au cours du cycle infectieux et couvrent des relations commensale, amensale et neutre. L’effet hyphosphère seul se manifeste avant contact entre les deux micro-organismes par l’induction de gènes impliqués dans la colonisation des eucaryotes et après contact par une induction de gènes codant des protéines de réponse au stress et une « patatin-like » protéine. Cependant, les modifications transcriptomiques majeures sont observées dans la pathorhizosphère sur les racines colonisées par /Ggt/ avec un effet augmenté par les racines nécrosées. Ainsi, des gènes codant des protéines impliquées dans le métabolisme carboné et la réponse au stress sont induits en présence de /Ggt/, et un effecteur du système de sécrétion de type VI est spécifique des racines nécrosées. Ces effets hyphosphère et pathorhizosphère modifient donc les traits bactériens impliqués dans les étapes de reconnaissance et de persistance dans ces environnements