Les termes « métabolome et métabolomique » ont été introduits, pour la première fois en 2002, par Oliver Fiehn. Le métabolome correspond à l’ensemble des métabolites de bas poids moléculaire présents dans une cellule, un tissu ou un organisme. La métabolomique est la mesure qualitative et/ou quantitative du métabolome, son objectif est d’établir un lien entre l’expression génomique et phénotypique, afin de déterminer le fonctionnement global d’un système métabolique (Fiehn 2007). L’intérêt de la métabolomique est qu’il est possible d’identifier et de quantifier un grand nombre de métabolites simultanément. Cependant elle comporte quelques inconvénients sur certains aspects préparatifs et analytiques. En effet, la préparation des échantillons est une étape très importante, des pertes des métabolites pendant l’étape d’extraction peuvent se produire et fausser la quantification (De Koning 1992). Par conséquent, la méthode choisie doit favoriser l’extraction du plus grand nombre de métabolites, ne pas exclure des molécules avec des propriétés physico-chimiques particulières et enfin, conserver l’intégrité structurale et fonctionnelle des métabolites. Récemment, plusieurs auteurs (e.g. Villas-Bôas 2005, Lin 2007) ont étudié différentes méthodes d’extraction du métabolome des cellules végétales et animales. En revanche, à notre connaissance, les techniques d’extraction du métabolome du muscle squelettique n’ont jamais été étudiées. Ainsi, dans cette étude, nous avons comparé quatre méthodes d’extraction du métabolome musculaire, déjà utilisées pour la biomasse microbienne, afin de choisir le protocole d’extraction le plus efficace du point de vue qualité, quantité et facilité d’application.