La présente étude sur les populations de truites du fond du Golfe de Gascogne révèle une diversité génétique fortement structurée par l’architecture du réseau hydrographique. Cette structuration est entretenue par les truites de mer qui adoptent massivement un comportement de homing. Un flux de TRMs étrangères s’ajoute parfois aux flux de TRMs natives. En provenance des petits fleuves cantabriques ou basques espagnols, ce flux est important dans les Nives et la Nivelle et anecdotique au niveau des Gaves. Les gènes d’origine domestique sont peu présents chez les populations de truites sauvages et contribuent à part égale aux populations sédentaires et marines. Certaines truites du bassin de l’Adour, plus spécifiquement dans sa partie amont, sont génétiquement proches de celles de la Garonne, accréditant l’hypothèse d’un flux de truites entre la Garonne et l’Adour par le biais du canal de la Neste