La gestion des ressources génétiques animales domestiques est aujourd'hui au cœur d'une actualité renouvelée. La gestion de tels biens communs territorialisés repose sur des dispositifs coopératifs impliquant un nombre croissant d'acteurs. Se pose alors la question des modes de pilotage de ces dispositifs et des crises de la coopération qui peuvent les fragiliser, véritables enjeux pour le maintien de la biodiversité. Au travers de l'analyse des dispositifs de sélection des races ovines laitières locales des Pyrénées-Atlantiques, cette thèse vise à montrer l'intérêt d'une approche multi-niveaux de la coopération autour de biens communs. Nous proposons de considérer les biens communs non comme donnés mais comme résultant d'un processus de conception. Ainsi une approche généalogique retraçant l'évolution des formes de coopération autour de ces biens nous permet de construire quatre régimes de coopération (communautaire, entrepreneurial, intensif et découplé) dont les dynamiques expliquent en partie les tensions actuelles autour des ressources concernées. Nous montrons ensuite l'importance d'étudier ces dispositifs non par les intentions des managers mais par les effets et les usages inattendus de leur instrumentation technique, scientifique et gestionnaire. Leur étude fine questionne l'universalité des modèles scientifiques et techniques, souvent considérés comme neutres par leurs concepteurs. Mais la coopération autour de biens communs nécessite aussi la gestion de la qualification collective de ces biens impliquant les usagers, activité dont l'importance est souvent minimisée par les gestionnaires de ces dispositifs. L'étude des instruments utilisés dans les activités de qualification des animaux permet de dépasser les controverses et dichotomies entre formes de connaissances, et de réfuter le mythe d'un régime scientifique pur de production de connaissances sur les animaux. Nous proposons enfin une analyse du marché des biens et des services produits par ces dispositifs, montrant l'inexistence d'un marché auto-régulateur des ressources génétiques. L'important est donc de gérer la diffusion de ces ressources pour maintenir la légitimité des dispositifs. Ce travail permet de mieux comprendre le rôle de l'instrumentation dans la coopération pour la production de biens communs territorialisés. Il s'agit alors de concevoir une instrumentation favorisant les apprentissages et la gestion de la diversité des points de vue