Nos repas seraient bien tristes sans les aliments fermentés ! Que ce soit pour les entrées, plats de viandes et de poissons, les fromages ou les desserts, ou encore les boissons, ils occupent une place unique dans notre alimentation. La fermentation est un procédé de transformation des matières premières via l’action des micro-organismes (bactéries, levures, champignons), simple, économe et qui nécessite peu d’équipements. Les premiers produits fermentés, comme le vin par exemple, datent de 10 000 ans ; les produits laitiers de 8 000 ans. À ce jour, ce sont 5 000 produits, végétaux et animaux, qui ont été référencés. Les outils technologiques comme le séquençage haut débit ont permis ces dernières années des avancées spectaculaires dans l’exploration et la connaissance des écosystèmes fermentaires, leur biodiversité et leurs fonctionnalités : amélioration de l’arôme, de la texture des aliments, de leur valeur nutritionnelle, sécurisation du produit, remplacement d’additifs,… L’extraordinaire diversité des aliments fermentés voit aujourd’hui coexister des produits ancestraux avec des aliments et boissons standardisés et industrialisés produits à large échelle. A côté de ces aspects de la maitrise du gout et de la sécurité des aliments, et depuis les années 1980, les chercheurs s’interrogent beaucoup sur les bénéfices santé de la consommation des aliments fermentés. Selon les régions du monde, ils représentent 5 à 40 % de notre régime alimentaire. Se pose alors la question de leur interaction avec notre système intestinal et notamment sa flore dont on sait toute l’importance pour la santé de l’Homme. Les microorganismes, par eux-mêmes et par les modifications qu’ils entrainent dans la composition de l’aliment, ont énormément de vertus qui n’ont pas encore été étudiés à la mesure des enjeux sur le plan nutritionnel.