Les fromages traditionnels hébergent un microbiote diversifié, composé de populations microbiennes endogènes et de ferments, qui joue un rôle majeur dans le développement des qualités sanitaires et sensorielles du produit fini. La connaissance de la diversité microbienne taxonomique et fonctionnelle des produits laitiers s’enrichit depuis ces trois dernières années des apports des approches (méta)génomiques. Plus de 100 genres et 400 espèces microbiennes ont été détectés dans le lait cru et les fromages. Des réservoirs environnementaux potentiels de cette diversité ont été identifiés. Cependant, comparés à ceux de souches environnementales, les génomes de micro-organismes isolés de fromage peuvent contenir des signatures génétiques de leur adaptation à l'habitat fromage. Des différences de caractéristiques sensorielles et d’équilibre des composés volatils aromatiques entre des fromages au sein d’une même technologie ont été associées à des différences dans la composition et la dynamique des populations microbiennes. Toutefois, le lien avec l'expression du potentiel enzymatique microbien dans le fromage reste difficile à établir. Les récents progrès technologiques permettant l’analyse d'ARN messager microbien in situ dans le fromage devraient permettre de mieux comprendre comment fonctionnent dans leur globalité les principaux acteurs fromagers.