Le peuplier noir (Populus nigra L.) est une espèce clef de l’écosystème riverain ligérien et représente un marqueur biologique de la dynamique morphosédimentaire du fleuve. Cette espèce est menacée par les activités anthropiques. L’objectif de cette étude est de rechercher une éventuelle structuration génétique spatiale de semis de P. nigra, qui sont apparus sur une barre sédimentaire nouvelle à la suite de travaux d’entretien du lit de la Loire. Cette étude a été réalisée au sein de la mosaïque de cinq ilots de Mareau-aux-prés (13 hectares, inclus dans l’Unité Conservatoire des ressources génétiques de P. nigra, Loiret, France). En septembre 2012, la végétation de l’ilot central a été détruite, les souches ont été extraites et l’ilot a été arasé. Pendant le printemps et l’été 2013, une nouvelle barre sédimentaire est apparue et a été explorée régulièrement pour répertorier les zones de germination de semis de P. nigra. En septembre 2013, 1550 jeunes plantules (31 x 50 zones) ont été collectées pour des analyses génétiques via 11 marqueurs ADN microsatellites. La diversité génétique a été estimée via le taux de polymorphisme, la richesse allélique, l’hétérozygotie observée et attendue et la différenciation génétique neutre (Fst). Bien que significativement différent de zéro, le Fst des 50 zones est faible, et le niveau de diversité est comparable aux populations parentales des berges. Ces résultats sont discutés en termes de microtopographie de la barre, de la fluctuation de la nappe, de la période de libération des graines et de la texture sédimentaire.