Face aux crises que traversent l'agriculture et les systèmes alimentaires, les enjeux de redéfinition des modèles de production agricoles deviennent de plus en plus prégnants. Deux grandes familles d'agriculture sont pris ici comme exemples d'alternatives aux systèmes dominants : l'agriculture biologique (AB) et la protection intégrée (PI). Pour chacune d'elle, une revue de littérature internationale est mobilisée pour éclairer (i) les dynamiques de changement et de transition entre les formes conventionnelles d'agriculture et ces modèles de production et (ii) les conséquences de ces transformations. Concernant le premier point, les auteurs discutent, en qualité d'agronomes, des oppositions entre transitions par substitution d'intrants et transitions s'appuyant sur une re-conception des systèmes techniques de production. Concernant les conséquences, une attention particulière est portée à la question de savoir si la mise en œuvre de ces formes de production constitue une tendance lourde d'écologisation de l'agriculture ; plus spécifiquement les auteurs s'interrogent sur l'insertion territoriale de ces transformations et la capacité des acteurs de ces transformations à produire de nouveaux territoires. Enfin, est interrogé le sens d'une écologisation de l'agriculture qui se ferai sans prise en compte des systèmes de transformation et des systèmes alimentaires. Ces questions sont traités à la fois de manière générale mais aussi dans une déclinaison concernant les cultures pérennes (viticulture et arboriculture) en France.