Les arbres forestiers ont des caractéristiques qui limitent l'efficacité de la sélection basée sur le phénotype, en particulier un cycle de sélection long, dû à une évaluation tardive des performances, une intensité de sélection plutôt faible, conséquence de l'encombrement spatial des descendances, et des caractères à faible héritabilité. La sélection génomique permet de lever ces limites et amène à développer des variétés multiclonales permettant ainsi d'apporter un progrès génétique encore plus important. Elle permet aussi de mieux gérer la diversité et, à terme, pourrait permettre d'utiliser les effets non additifs présents pour certains caractères. Alors que la sélection assistée par marqueurs n'a pratiquement pas été mise en oeuvre chez les arbres forestiers, la sélection génomique a été rapidement appliquée chez des espèces comme l'eucalyptus au Brésil et le pin taeda aux USA, espèces des plantations industrielles. Chez ces deux espèces, il apparaît une précision de la valeur des valeurs génétiques prédites du même ordre de grandeur que celle de la prédiction phénotypique mais avec un gain de temps. En France, des efforts importants sont engagés pour l'amélioration du pin maritime et du peuplier.