Tous les programmes de sélection de plantes pérennes doivent faire face à un défi commun : une longueur de cycle très importante combinant âge d’évaluation et âge de reproduction. Cette dernière pouvant représenter plus d’une décennie. Chez les arbres forestiers et fruitiers, le fort encombrement spatial et l’âge d’évaluation des critères économiques de production limitent souvent les possibilités de phénotypage et augmentent les coûts d’évaluation. La longévité des plantes pérennes ainsi que la diversité des conditions environnementales de culture de ces espèces placent souvent les interactions génotype × environnement (G × E) au premier plan des préoccupations des sélectionneurs. C’est bien avec une perspective d’accélérer les cycles d’amélioration et d’augmenter l’efficacité de la sélection que les sélectionneurs de plantes pérennes s’intéressent aujourd’hui à la sélection génomique. Le développement récent du séquençage de génomes végétaux permet désormais de disposer de séquences de référence pour de nombreuses espèces pérennes faisant l’objet de programmes de sélection. Toutefois, il reste d’importants efforts à faire pour obtenir des ressources SNP en quantité suffisante pour couvrir ces génomes avec une densité élevée. En effet chez la plupart de ces espèces, le déséquilibre de liaison chute rapidement à courte distance. Ces limites expliquent que les premières expériences de sélection génomique en cours d’évaluation chez ces espèces concernent le plus souvent des populations d’entraînement de taille efficace réduite.