Les protéines sécrétées par les agents pathogènes dans les tissus de leur plante hôte jouent un rôle central dans les processus infectieux des champignons, des oomycètes et des bactéries. Ces protéines sont considérées comme des effecteurs de leur pouvoir pathogène. Leur identification et leur caractérisation chez les champignons phytopathogènes représente un enjeu important pour mieux comprendre les mécanismes impliqués dans l’infection et pour identifier les processus de défense de la plante hôte ciblés par ces agents pathogènes. AvrCO39, une petite protéine du champignon ascomycète Magnaporthe oryzae, pathogène majeur du riz, est considérée comme un effecteur. Elle agit comme protéine d’avirulence sur des cultivars de riz possédant le gène de résistance Pi-CO39. Cependant, son rôle dans le développement de la maladie est inconnu et elle ne montre pas d’homologies avec d’autres protéines. L’existence d’un signal de sécrétion et d’un motif « RxLR-like » au sein de la séquence protéique d’AvrCO39 suggère que cet effecteur puisse être sécrété par le champignon, puis transféré dans le cytoplasme des cellules de la plante hôte lors de l’interaction. Afin de comprendre le mode d’action d’AvrCO39, des approches visant à identifier les protéines et les processus de l’hôte ciblés ont été initiées.