L’étude du microbiote intestinal, chez l’Homme puis chez les animaux modèles et maintenant d’élevage, a été révolutionnée par l’utilisation de technologies de séquençage d’ADN à haut débit qui a permis le développement des approches de métagénomique, c'est-à-dire l’étude de l’ensemble des génomes constituant le microbiote intestinal. Ces approches ont largement contribué à montrer à quel point le microbiote intestinal est important pour son hôte, dont il est en fait le symbionte, de par ses rôles non seulement dans la digestion d’aliments non digestibles par l’hôte mais plus généralement dans la régulation du métabolisme, la mise en place et la régulation de l’immunité, la résistance à la colonisation par des pathogènes ou le comportement via un effet sur le cerveau. Ces connaissances théoriques ont conduit à des applications diagnostiques et thérapeutiques chez l’Homme. On peut espérer de la même façon améliorer nombre de caractères d’intérêt chez la volaille, notamment santé, robustesse et efficacité digestive via l’analyse du microbiote et sa modulation par des leviers, dont certains (alimentation, probiotiques, prébiotiques) existent déjà et pourraient être améliorés. Cette revue explique ce qu’est la métagénomique, ce qu’elle apporte à la connaissance du microbiote intestinal et à quel type d’applications en élevage elle pourrait conduire, en prenant en compte ce symbionte longtemps ignoré et pourtant essentiel.