Cet article s'intéresse à l'émergence, la structuration et la déstabilisation, en France, d'un " régime intensif de sélection " en matière de gestion des ressources génétiques animales en agriculture. Ce régime, remplaçant à la fin des années 1960 les précédentes formes de sélection, a la particularité d'avoir reposé sur des dispositifs coopératifs à dimension publique associant éleveurs et la recherche publique, et d'avoir été fortement encadré par l'État. Au travers de l'analyse longitudinale du cas de la sélection génétique de races ovines laitières locales en Pyrénées-Atlantiques, nous retraçons les processus de construction institutionnelle des formes et pratiques de sélection animale au travers de la transformation conjointe des modes de production de connaissances, des objets et des marchés des ressources génétiques animales. Nous identifions plus largement différents régimes de sélection, reposant sur des modes de production de connaissances en tension, dont la coexistence, dans le cas étudié, menace la coopération indispensable au maintien des races locales. Nous mettons en lumière l'émergence de régimes néo-communautaires de sélection et montrons en quoi les progrès scientifiques (génomique) et les changements de politiques publiques reconfigurent le paysage organisationnel des activités de gestion des ressources génétiques animales.