L’amélioration génétique des poissons, comme pour les autres productions animales, est un élément clé du développement d’élevages performants. Les poissons étant pour la plupart à peine domestiqués, les gains potentiels sont particulièrement importants. Les méthodes actuelles, développées au cours du XXe siècle, sont pour certaines classiques chez les animaux de ferme (choix de souches, croisements, sélection) et pour d’autres beaucoup plus originales et spécifiques des organismes aquatiques (monosexage génétique, stérilisation par triploïdisation). La sélection de lignées commerciales n’est effective que depuis le milieu des années 1990, essentiellement sur des objectifs de croissance, avec des résultats parfois spectaculaires. Par ailleurs, la transgenèse, bien que techniquement au point sur la croissance, n’est pas utilisée en pratique, et ne pourra l’être qu’en ciblant de nouveaux phénotypes bénéficiant à tous et hors d’atteinte de la sélection classique. Pour accompagner un développement durable de l’aquaculture, les critères de sélection doivent évoluer vers une amélioration de l’efficacité de la production (efficacité alimentaire, rendements de découpe, résistance aux maladies) et de l’adaptation à de nouveaux contextes (environnements changeants, aliments à base de végétaux). Les progrès de la sélection aquacole dans ce sens, sans négliger le potentiel incontestable des méthodes « classiques », pourront s’appuyer sur les technologies génomiques pour, à court terme, utiliser des pedigrees obtenus par génotypage de marqueurs et, à plus long terme, tirer parti d’une meilleure connaissance des bases génétiques des caractères d’intérêt et exploiter cette information génétique directement dans le processus de sélection (sélection génomique).