Depuis les années 90, le lac du Bourget connaît des efflorescences de la cyanobactérie Planktothrix rubescens. Cette espèce est capable de produire une hépatotoxine, la microcystine. Dans de nombreux milieux, lors d’épisodes de blooms, cette toxine est retrouvée dans divers organes de nombreuses espèces de poissons, induisant des dommages physiologiques notables et des mortalités parfois importantes en cas de sénescence du bloom. Toutefois, les données sur l'exposition des poissons à cette toxine en milieu naturel sont peu nombreuses. La comparaison de la distribution spatiale de P. rubescens et des espèces piscicoles exploitées sur le lac (Perches et Corégones) est donc nécessaire pour déterminer si les poissons évitent ou se concentrent dans les zones touchées par les cyanobactéries. De Juin à Novembre 2009, les distributions spatiales diurnes de P. rubescens et des corégones (Coregonus lavaretus) ont été suivies à l’aide d’une sonde BBE et d’un échosondeur. Ainsi, les distributions verticales et horizontales ont été comparées pour toutes les dates d’échantillonnages. Les résultats montrent que les abondances de P. rubescens ont été maximales entre la fin du mois de juillet et le début du mois de Septembre. Durant cette période, P. rubescens se stratifie verticalement dans la colonne d’eau avec un maximum d’abondance situé entre 14 et 22 mètres en fonction des stations d’échantillonnages. A l’échelle horizontale, la distribution de P .rubescens est hétérogène sur l’ensemble du lac. Les données sur la distribution du corégone indiquent que pendant la journée, cette espèce est présente dans la couche d’eau située entre 15 et 30 mètres, couche d’eau où était également présent le pic de P. rubescens. De plus, le corégone ne semble ni éviter, ni au contraire être plus présent dans les zones de fortes abondances en P. rubescens. Les efflorescences de P. rubescens, aux concentrations observées, n’exercent donc pas de pression sur le schéma de répartition spatiale du corégone Par ailleurs, des filaments de P. rubescens ont été trouvés dans les contenus stomacaux de plusieurs corégones capturés par la pêche professionnelle et des toxines ont été mesurées dans divers organes. Ces derniers résultats indiquent qu’en raison du contact direct entre les poissons et les algues, la toxine peut facilement être accumulée dans le corégone par cette ingestion directe de filaments de P. rubescens, et donc conduire à des risques physiologiques pour cette espèce.