De plus en plus d’études s’intéressent à l’importance du compartiment viral dans les environnements marins et dulçaquicoles. L’importance écologique des virus en tant qu’agents de mortalité cellulaire et agents de contrôle des populations hôtes est aujourd’hui reconnue comme primordiale pour tenter de comprendre la dynamique et la diversité des communautés microbiennes, les flux de matière et le fonctionnement des écosystèmes. Nous avons analysé la dynamique et le rôle potentiel du compartiment viral à travers l’étude de la mortalité bactérienne, de janvier à août 2008, dans le lac du Bourget (France). Les données recouvraient à la fois les abondances et productions virales et bactériennes, la mesure de la fréquence des cellules lysogéniques et lytiques, ainsi que l’estimation du relargage du C et du P consécutivement à la lyse cellulaire. Ces paramètres nous ont permis ainsi d’évaluer la contribution des bactériophages à la mortalité de leurs hôtes mais également dans les flux de matière. Les expériences ont été menées en surface (2 m) ainsi qu’en profondeur (50 m) au point de référence du lac.