Elaboration d’une ontologie, étape préalable à la constitution d’une base de données des caractéristiques de la glande mammaire et du lait - INRAE - Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement Accéder directement au contenu
Communication Dans Un Congrès Année : 2011

Elaboration d’une ontologie, étape préalable à la constitution d’une base de données des caractéristiques de la glande mammaire et du lait

Résumé

Les avancées technologiques de la biologie génèrent actuellement le recueil en masse de données qui permettent de décrire plus finement les grandes fonctions du vivant. Ces données participent à une connaissance approfondie des caractéristiques (traits) de chaque individu, c'est-à-dire de son phénome, résultat de la régulation de l’expression de son génome. La caractérisation de chaque phénotype implique un traitement informatique des données qui a révélé l’urgence de disposer d’un langage standardisé définissant sans ambiguïté les traits auxquels pourront se référer des utilisateurs très variés (généticiens, physiologistes, biochimistes, producteurs…). L’élaboration de ce langage a recours aux ontologies, ensembles structurés de termes et concepts qui s’adressent à un champ défini d’informations organisées pour répondre aux besoins des utilisateurs. Aujourd’hui, aucune de ces ontologies n’est spécifiquement dédiée aux traits phénotypiques des animaux d’élevage : poissons, volailles, mammifères. Face à cet enjeu, l’INRA en collaboration avec l’USDA a mis en place un programme nommé ATOL (pour « Animal Trait Ontology for Livestock») visant à définir et à organiser les caractères phénotypiques des animaux d’élevage. Ces caractères sont ceux relatifs aux fonctions et aux productions d’intérêt associées : nutrition et efficacité alimentaire, croissance et production de viande, glande mammaire et production de lait, système de reproduction et oeuf et ceux intégrant des préoccupations sociétales : bien-être des animaux d’élevage dans leur environnement. Le domaine « glande mammaire et production de lait » comprend deux sous-parties : l’une sur la glande mammaire avec des traits correspondant à sa morphologie et sa physiologie, l’autre sur le lait et le colostrum avec des traits correspondant à la production, la composition, aux propriétés physiques et sensorielles. ATOL devrait aider à établir des relations génotype/phénotype plus précises et à associer un phénotype à chaque allèle, en cernant mieux la variabilité liée à la plasticité physiologique et aux marques épigénétiques induites par le contexte environnemental. Cette démarche devrait ouvrir alors la voie à une approche systémique prenant en compte l’animal dans son environnement, son fonctionnement et ses mécanismes de régulation et non plus seulement une approche multicritère de la sélection animale.

Mots clés

Fichier non déposé

Dates et versions

hal-02745536 , version 1 (03-06-2020)

Identifiants

  • HAL Id : hal-02745536 , version 1
  • PRODINRA : 47922

Citer

Catherine Hurtaud, Laurence Bernard, Eve Devinoy, Pierre-Guy Marnet, Hélène Quesnel, et al.. Elaboration d’une ontologie, étape préalable à la constitution d’une base de données des caractéristiques de la glande mammaire et du lait. 11. Journée de l'animation transversale "Glande mammaire, lait" 2011 - Département de Physiologie animale et Système d'Elevage, Nov 2011, Paris, France. ⟨hal-02745536⟩
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