Les schémas conventionnels de sélection variétale apparaissent peu adaptés à la prise en compte de besoins de variétés spécifiques liés à des territoires marginaux. L'agronome peut alors s'associer aux sélectionneurs pour réaliser un diagnostic des situations et mettre au jour les critères de choix et de rejet des variétés des agriculteurs en cherchant à impliquer ceux-ci. Deux types d'approches développées par un agronome-système en production rizicole familiale en Afrique de l'Ouest, l'une basée sur des entretiens, l'autre sur un diagnostic agro-technique, sont présentées et discutées dans ce papier. L'analyse des résultats fonde l'intérêt d'un dispositif participatif et pluridisciplinaire pour l'innovation variétale, où l'agriculteur n'est plus seulement impliqué dans le diagnostic, mais participe au processus de sélection lui-même, en collaboration avec des chercheurs des sciences biotechniques et sociales.