Ce papier présente quelques applications de l'économétrie du déséquilibre à la modélisation des marchés agricoles. Certaines spécifications issues de l'économétrie du déséquilibre semblent particulièrement adaptées pour prendre en compte les caractéristiques spécifiques des marchés agricoles. C'est particulièrement le cas des modèles de marchés soumis à un prix minimum, en vue de représenter le système européen d'intervention, pratiqué pour la plupart des produits agricoles. Mais les résultats d'estimation permettent de montrer qu'une telle spécification n'est pas nécessairement la plus appropriée. Elle conduit à des résultats peu satisfaisants lorsqu'elle est utilisée pour modéliser des marchés qui sont presque toujours dans le même régime de déséquilibre. Cette situation structurelle peut être observée lorsque les données utilisées ne sont disponibles qu'avec une périodicité annuelle. De plus, cette spécification n'est pas appropriée lorsqu'il est nécessaire d'utiliser une hypothèse de non-observabilité du prix minimum. En effet, dans ce cas, la séparation de l'échantillon est inconnue. En revanche, l'économétrie du déséquilibre, sous sa forme "originale" et éventuellement avec quelques adaptations visant à prendre en compte l'hétérogénéité, peut être utile lorsque le but est d'identifier et de mesurer les effets de la demande et de l'offre sur un marché, et de déterminer ex-post les occurrences et les causes des changements de régime. L'estimation de modèles d'exportation de produits agricoles en fournit une application satisfaisante.