Développement d’une stratégie d’identification de métabolites inconnus à l’aide d’outil de prédiction de fragmentations in silico
Résumé
Ces dernières années, les approches métabolomiques ont ouvert de grandes perspectives dans le domaine de la nutrition. Elles permettent d’aborder les problèmes de bio complexité en décrivant de façon globale les métabolites générés ou modifiés dans certaines conditions nutritionnelles. La caractérisation et l’identification de ces métabolites est devenue l’étape limitante dans la découverte de potentiels biomarqueurs et la production de connaissances. Cependant l’apparition de nouveaux appareils alliant puissance résolutive, précision de mesure de masses, et capacité de fragmentation, accompagné de logiciels permettant de simuler les fragmentations in-silico est devenue une aide précieuse dans la recherche et l’identification de métabolites. Dans ce travail nous présentons le développement d’une stratégie d’identification d’inconnus lors d’une étude métabolomique sur urines visant à étudier les processus métaboliques chez des ours durant l’hibernation. Afin d’effectuer une caractérisation structurale permettant l’identification des métabolites d’intérêt mis en évidence par les analyses statistiques, notre démarche a été d’acquérir les spectres des inconnus en dépendant scan à une résolution de 100 000 en scan et 30000 en MSMS, puis de déterminer leur formule développée. La formule développée a été reconstruite à partir des masses précises des fragments, puis vérifiée en faisant générer les fragmentations par Mass Frontier sur la formule développée reconstituée. L’analyse et la comparaison des masses précises obtenues avec Mass Frontier et l’ensemble des masses précises expérimentales nous ont aidé à confirmer de façon putative mais avec une certaine confiance les formules développées correspondantes. Cette étude démontre l’intérêt de l’utilisation d’outils de prédiction de fragmentation in-silico dans le développement de workflows de traitement des données métabolomiques issues de spectrométrie de masse.