Identification de gènes impliqués dans le contrôle des fonctions digestives chez le poulet de chair
Résumé
La durabilité de l’élevage avicole passe par la recherche de systèmes de production plus économes et autonomes
en termes d’approvisionnement en matières premières pour l’alimentation animale. Ceci implique une meilleure
prise en compte des caractères d’adaptation tels que l’efficacité digestive afin d’aller vers une plus forte
utilisation de matières premières alternatives de qualité variable. L'objectif du projet ADIGEN était d’identifier
des gènes impliqués dans la digestion en caractérisant le transcriptome de différents compartiments du tube
digestif : la jonction entre proventricule et gésier, le gésier, la jonction gastro-duodénale, et le jéjunum. Les
ARNs totaux des 4 tissus ont été séquencés sur HiSeq2500 (plateforme GeT-PlaGe, Toulouse) pour 6 individus
issus d’un croisement F2 entre 2 lignées divergentes pour leur efficacité digestive (D+/D-). Les analyses
bioinformatiques et biostatistiques des données RNA-seq ont mis en évidence un total de 11216 transcrits
exprimés différentiellement entre les 4 tissus. Au total, 8 groupes de gènes présentant des profils d'expression
très différents ont été identifiés. L'analyse fonctionnelle par « Gene Ontology » des classes de gènes montre un
enrichissement significatif de la fonction immunitaire dans le jéjunum, et de l'activité transcriptionnelle et
traductionnelle dans le gésier et le pylore. Cette analyse nous permet de dresser un premier portrait moléculaire
des différents compartiments du tractus digestif, qui servira de base pour les futures études sur le contrôle
génétique ou physiologique de la réponse de l’animal aux variations alimentaires.