Uno de los principales componentes de los programas de conservación genética es el uso de marcadores moleculares para la estimación de la diversidad genética. A pesar de ello, la variación observada en marcadores moleculares está débilmente correlacionada con la variación adaptativa, lo que limita seriamente la aplicación de estos estudios en el desarrollo de políticas de conservación. En este trabajo, se compara la distribución de la diversidad genética de Pinus pinaster Ait. en la Península Ibérica obtenida con marcadores moleculares (isoenzimas) y caracteres cuantitativos (altura, forma del fuste y supervivencia). El estudio incluye siete poblaciones marginales. Éstas, muestran valores de diversidad similares a los de poblaciones centrales próximas lo que sugiere una gran importancia de los procesos históricos regionales frente a efectos relacionados con el tamaño efectivo poblacional. La correlación de los marcadores moleculares utilizados con los caracteres cuantitativos medidos en los ensayos de campo es débil, aunque significativa. Esta correlación podría explicarse considerando efectos selectivos en respuesta a gradientes ambientales que afectan a su vez el tamaño efectivo de las poblaciones.