L’étiologie des intoxications alimentaires a considérablement changé au cours des années. Les micro-organismes pathogènes connus sont surveillés et relativement bien maîtrisés. Cependant, les souches microbiennes sont capables d’évoluer en acquérant de nouveaux facteurs de virulence, des gènes de résistance aux antibiotiques ou en s’adaptant à des environnements habituellement hostiles. Par ailleurs, les modifications climatiques, les changements dans les pratiques agricoles et/ou technologiques, la globalisation des échanges commerciaux, les changements des pratiques de consommation, peuvent favoriser la survie et la dissémination des pathogènes et donc modifier l’exposition des consommateurs. Tous ces facteurs, associés à l’accroissement des sous-populations humaines sensibles (personnes âgées, immunodéprimées…) conduisent à l’émergence de nouveaux pathogènes dans les filières agro-alimentaires.